Калибровка ПЦР амплификатора

Осторожно! Полученные на данном сайте сведения могут необратимо изменить Ваш взгляд на реальность и подход  к кПЦР.

 

ПЦР – магия, искусство или … технология?

ПЦР на сегодняшний день – наиболее универсальный, специфичный и чувствительный метод молекулярной диагностики (MDx). Однако с его развитием и широким распространением все чаще возникают возникают вопросы:

  • Насколько мы можем доверять результатам анализа? Какова вероятность ложноположительных и ложноотрицательных результатов?
  • Кто должен и может проводить анализы для получения достоверных результатов?

Все, кто работал с ПЦР, знают, что результат теста иногда может внезапно меняться при повторении одного и того же анализа, причем, без, казалось бы, каких-либо причин. Специалисты в таких случаях лишь разводят руками – «это же ПЦР…», обычно греша на реагентику или же невнятно обвиняя некий «человеческий фактор». Поэтому отношение к методу ПЦР немного мистическое – чтобы получать «хорошие» результаты, нужно обладать не только профессиональными знаниями и навыками работы молекулярного биолога, но и неким «чутьем» или таинственным знанием.

Итак, что же такое ПЦР – магия, искусство или, все-таки, технология?

Чтобы понять, что же такое ПЦР, для начала давайте рассмотрим определения того, что же такое магия, искусство и технология.

Магия — символические действия (обряды), направленные на достижение определённой цели сверхъестественным путём. (Википедия)

Искусство — Умение, мастерство, знание дела.

Технология – применение научного знания для решения практических задач. (Википедия)

 

Мы уверены, что ПЦР – это технология. Сложная, но технология, и в ПЦР нет и не должно быть ничего «странного, непонятного, необъяснимого» или зависящего от особых талантов или уникальных способностей одного человека. Результаты, полученные на одном приборе, должны быть воспроизведены на любом другом приборе, даже если другой прибор находится в другой лаборатории.

Какое оборудование гарантирует достоверность результатов?  Всегда ли дорогостоящее оборудование – гарантия достоверности?

Для ответов на все эти вопросы нам необходимо рассмотреть процесс ПЦР более детально и глубоко.

 

ВАРИАБЕЛЬНОСТЬ АМПЛИФИКАТОРА

  1. Реальность – что мы видим в ПЦР
  2. Кратко о ПЦР
  3. Странности ПЦР
  4. От чего зависит время полужизни Taq-полимеразы.
  5. «Лишние» градусы
  6. Устройство термоблока
  7. Что мы видим на дисплее амплификатора? (Это – реальность?)
  8. Реальный температурный профиль амплификатора
  9. Как проверить реальную температуру термоблока в процессе ПЦР?
  10. Реальное распределение температур по термоблоку
  11. Индивидуальность каждого термоциклера
  12. Проскоки
  13. Спецификации производителя
  14. Соответствие спецификациям производителя и реальность
  15. Индивидуальные проскоки для каждого прибора
  16. Контрольные образцы – сколько и куда ставить?
  17. Корректировка температурного профиля амплификаторов
  18. Внутри- и межлабораторная гармонизация термоциклеров
  19. Валидировать Амплификатор

 

1. РЕАЛЬНОСТЬ. ЧТО ЖЕ МЫ ВИДИМ?

Реальность – объективно существующие явления, факты (Википедия).

pcr 1 1024x697 - Калибровка ПЦР амплификатора

pcr2 - Калибровка ПЦР амплификатора

 

Движутся или нет эти изображения? Наши глаза говорят нам – да. Однако в реальности – эти изображения статичны. Это — оптические иллюзии. А может ли быть что-то аналогичное в ПЦР?

 

Всегда ли наше представление о ПЦР реально? Давайте разберемся.

 

2. КРАТКО О ПЦР

Мы не будем Вам рассказывать об основных принципах ПЦР – такой информации много в открытом доступе. Мы расскажем Вам о том, на что обычно не обращают внимание даже многие специалисты и эксперты в ПЦР.

Условно, все составляющие для успешного ПЦР можно поделить на 2 класса – назовем их для простоты «химия» и «физика».

pcr111 - Калибровка ПЦР амплификатора

 

Химия – все реагенты, олигонуклеотиды, буферы и самое ценное – наш образец – то, из чего состоит реакционная смесь. Все прекрасно понимают значимость каждого компонента для получения качественного результата и с большим вниманием относятся к выбору каждого ингредиента.

Физика – все физические, не связанные с химией процесса составляющие – собственно, это:

— прибор, в котором проходит ПЦР и

пластик – пробирки, в которых Ваши образцы помещены во время процесса и наконечники, которыми Вы дозируете образец и реагентику,

— и, конечно же, дозатор.

Как Вы хорошо знаете, процесс выделения ДНК и его очистки – крайне трудоемкий и скрупулезный процесс. После того, как Вы с таким трудом получили Ваш образец (а когда нет возможности получить его повторно – он буквально «бесценный»), что Вы с ним делаете? Вы переносите его в пробирку и помещаете в амплификатор (кстати, в какую лунку?), закрываете крышку, нажимаете кнопку «пуск» и …. Что же происходит дальше? Вы получаете результат! Но какой результат?

Вам наверняка приходилось сталкиваться со «странными» результатами» кПЦР?

 

3. «СТРАННОСТИ» ПЦР

Если Вы работаете с кПЦР хотя бы некоторое время, то уже обратили внимание, что отдельные результаты иногда имеют некоторые «странности», например, всегда дающий хорошие результаты тест вдруг не получается  или  получаются разные результаты одной и той же пробы на разных приборах, или что-то еще. Как правило, это относят на  «сложность» (то есть — «капризность») метода кПЦР, специалисты разводят руками – «так бывает…». Но так ли это на самом деле?

Вы наверняка знаете, как сложно получить достоверный и воспроизводимый результат, и как много зависит от «мелочей». Хотя, есть ли «мелочи» в таком важном процессе? Можно ли назвать «мелочью» пробирку, куда Вы помещаете с таким трудом полученный образец? Или наконечник, который Вы для этого используете?

И Вы наверняка знаете, как в ПЦР лабораториях, по крайней мере, в тех, которые действительно ориентированы на результат, ценятся специалисты, у которых «всегда все получается».  Во многих лабораториях есть «особые», «счастливые» амплификаторы, на которых так удачно проходят определенные реакции. Хотелось бы Вам стать таким «незаменимым» специалистом? Или иметь в своем распоряжении такой «счастливый» термоциклер?

Считаете, это невозможно? Для этого нужно проработать 10-15 лет и обладать особым даром? Возможно, это тоже приведет Вас к желанной цели. Но мы предлагаем Вам альтернативных подход – сугубо научный. Давайте заглянем немного вглубь метода ПЦР… и отделим иллюзию от реальности…

 

4. ОТ ЧЕГО ЗАВИСИТ ВРЕМЯ ПОЛУЖИЗНИ Taq-ПОЛИМЕРАЗЫ

Все знают, что ПЦР – это циклический процесс денатурации, отжига и элонгации, состоящий из 20-40 циклов.


 

pcr4 - Калибровка ПЦР амплификатора

 

На этапе денатурации происходит расплетание цепей  ДНК. Но на этом этапе параллельно происходит и тепловая деактивация Taq-полимеразы. Причем процесс инактивации очень чувствителен к температуре – каждый лишний градус снижает время полужизни Taq-полимеразы в несколько раз!

Время полужизни Taq-полимеразы при различных температурах:

temper1 - Калибровка ПЦР амплификатора

kalib1 - Калибровка ПЦР амплификатора

 

То есть за 60 «лишних» секунд мы теряем практически полностью всю полимеразу. Что такое 60 секунд при ПЦР? При стандартном количестве циклов 30-40 – это менее двух «лишних» секунд на цикл.

А это, как Вы понимаете, приведет к тому, что во время заключительных циклов ПЦР, когда нам требуется больше всего полимеразы, ее элементарно не хватит! И наш так долго подготавливаемый процесс, на который потрачено столько времени и дорогостоящих реагентов – не завершится из-за нехватки полимеразы, которая распалась на более ранних циклах из-за «пары лишних» градусов…

 

5. ЛИШНИЕ ГРАДУСЫ

Кстати, откуда эти «лишние» градусы взялись? Ведь мы тщательно следили за температурой амплификатора и задали температурную программу ! А что же, собственно, отражает эта температура? В какой точке термоблока? Ведь в плашке у нас 96 лунок. А температура показывается только одна. Но ведь она одинакова во всех лунках термоблока?! Или … не совсем одинакова?…

 

6. УСТРОЙСТВО ТЕРМОБЛОКА

Для ответа на этот вопрос нам придется заглянуть внутрь амплификатора – вернее, его термоблока – в нем, собственно, и происходит ПЦР. Из чего же он состоит? Конечно, у разных производителей это реализовано по-разному. Однако в любом термоблоке любого амплификатора есть несколько основных составных частей. Это:

  1. Металлический блок с лунками для пробирок.
  2. Нагреватель и/или элемент Пельтье
  3. Температурный сенсор (или несколько (!) сенсоров)
  4. Радиатор

18 - Калибровка ПЦР амплификатора
Первый же вопрос, который возникает при взгляде на устройство термоблока  – сколько же там в реальности датчиков температуры? И если их, оказывается, больше одного, то что же мы наблюдаем на дисплее амплификатора?!

 

7. ЧТО МЫ ВИДИМ НА ДИСПЛЕЕ?

 pcr12 - Калибровка ПЦР амплификатора Что за температура тут показана???

 

Это, пожалуй, ключевой вопрос при проведении ПЦР. И, как выясняется в реальности, получить на него ответ – не такая уж тривиальная задача…

Но мы постараемся. Итак, давайте посмотрим немного внимательнее на «стандартный» профиль нагрева амплификатора.

Он выглядит так:

pcr13 - Калибровка ПЦР амплификатора

Все именно так? Верно? Не может же такой простой профиль нагрева термоблока содержать какие-то сюрпризы? Оказывается, в реальности все немного сложнее…

 

8. РЕАЛЬНЫЙ ТЕМПЕРАТУРНЫЙ ПРОФИЛЬ АМПЛИФИКАТОРА

Вот так выглядит реальный температурный профиль амплификатора.

Как мы видим, есть участки – проскоки – на которых температура значительно выходит за рамки того, что мы думали. Причем, оказывается, это происходит не только при нагреве, но и при охлаждении! Да и сама заданная температура, оказывается, не одна прямая линия, а две. И – не всегда прямые… Или, может, даже не две??

pcr14 - Калибровка ПЦР амплификатора

Уже видно, что у нас есть самый горячий участок термоблока и самый холодный —  соответственно, верхняя и нижняя линии на графике. А что же происходит между ними? И кстати, какой между ними зазор, то есть какова разница температур между самыми горячим и холодным участками термоблока?

 

9.  КАК ПРОВЕРИТЬ РЕАЛЬНУЮ ТЕМПЕРАТУРУ ТЕРМОБЛОКА В ПРОЦЕССЕ ПЦР?

 

Получить ответ на этот вопрос – совсем непростая задача. Понятно, что штатными (встроенными) термодатчиками это сделать невозможно. Нужны внешние, причем обладающие следующими характеристиками:

  1. Равномерно распределены по термоблоку – многоканальный термометр
  2. Измеряют в динамическом режиме – то есть, как минимум, 1-2 раза в секунду
  3. Точность – не хуже 0,1˚С.

 

10. РЕАЛЬНОЕ РАСПРЕДЕЛЕНИЕ ТЕМПЕРАТУР ПО ТЕРМОБЛОКУ

И что же мы увидим, проведя проверку термоблока таким динамическим многоканальным термометром? Вот такую интересную картинку – распределение горячих и холодных участков по термоблоку:

temp1111 - Калибровка ПЦР амплификатора

Причем разница между самыми горячим и холодным участками может достигать 3˚С!

 

11. ИНДИВИДУАЛЬНОСТЬ КАЖДОГО ТЕРМОЦИКЛЕРА

 

Но это еще не все неожиданности, поджидающие нас при взгляде на реальное распределение температур в термоблоке амплификатора. Если мы проанализируем несколько амплификаторов одной модели одного производителя, то увидим очень интересные индивидуальные профили для каждого прибора:
pcr19 - Калибровка ПЦР амплификатора

 

Оказывается, в реальности у каждого отдельного амплификатора – свой температурный профиль, то есть уникальное распределение горячих и холодных зон по термоблоку! А разница между этими областями может достигать  3 ˚С!

Вот теперь нам становится более понятным реальное положение вещей – почему иногда мы получаем «странные» результаты. Вряд ли мы всегда фиксируем, когда и в какую лунку мы помещаем каждый конкретный образец – у исследователя достаточно других забот. Именно поэтому, один и тот же образец может давать разные результаты в разных экспериментах – в одном случае он оказывается в холодной зоне термоблока, а в другом – на самом горячем участке.  И, кстати, становится понятно, почему один и тот же образец ведет себя по-разному в разных приборах одной и той же модели. Эти приборы могут иметь абсолютно разные и уникальные температурные профили, поэтому одна и та же температурная программа по разному реализуется в каждом приборе.

И что же тогда говорить о сравнении приборов разных производителей! Получить воспроизводимые достоверные результаты в этом случае становится практически нереально… Или все-таки – реально?

 

12. ПРОСКОК

 

Прежде чем ответить на этот вопрос, давайте рассмотрим немного подробнее еще один участок температурного профиля – проскок. И получим интересную реальность:

pcr21 - Калибровка ПЦР амплификатора

Оказывается, максимальная температура отдельных лунок может превышать 103˚С! И это длится до 5 и более секунд! А теперь умножим 5 секунд на 40 циклов – получается 200 секунд (!) – именно столько времени наша смесь находится при повышенной на почти 8 (!) градусов температуре. А если вспомнить, как чувствительна полимераза к каждому градусу:

pcr21 1 - Калибровка ПЦР амплификатора

то станет понятно, почему иногда у нас может «не получиться» — элементарно не хватает полимеразы на последние циклы – она вся распалась ранее. Причем, обратите внимание, что величина проскока разная для разных лунок – от 2 до 8˚С. То есть наш результат будет зависеть от того, в какую лунку поместили образец.

 

13. СПЕЦИФИКАЦИИ ПРОИЗВОДИТЕЛЯ

 

Но ведь все приборы проверяются производителем. И все производители нас заверяют, что их приборы «полностью соответствуют спецификациям».  Может быть, они лгут нам? Нет, это правда. Однако давайте заглянем немного «вглубь реальности» и детально посмотрим на отчет одного из производителей.

Прекрасные результаты калибровки амплификатора – прибор «полностью соответствует всем спецификациям производителя», отклонение не более 0,1ºС (!) (при допустимых 0,9 ºС – 1,3 ºС). Однако давайте почитаем мелкий текст – как же происходила эта проверка?

pcr22 - Калибровка ПЦР амплификатора

Оказывается, точность температуры термоблока проверялась «после 20 минут стабилизации» при заданной температуре»…   Позвольте, но какое это имеет отношение к динамическому процессу ПЦР?

К чему может привести такая «валидация»?

 

14. СООТВЕТСТВИЕ СПЕЦИФИКАЦИЯМ ПРОИЗВОДИТЕЛЯ И РЕАЛЬНОСТЬ

kalib2 1 - Калибровка ПЦР амплификатора

В данном случае прибор полностью соответствует спецификациям производителя – после 20-ти минут стабилизации покажет отличные результаты для заданных температур. Однако в реальной жизни при проведении анализа будут получаться не точные и не воспроизводимые результаты – из-за серьезных проблем с охлаждением.

 

 

15. ИНДИВИДУАЛЬНЫЕ ПРОСКОКИ ДЛЯ КАЖДОГО ПРИБОРА

 

Одинаковые модели одного производителя, разные приборы

На данном графике приведены данные для нескольких приборов одной модели одного производителя. Каждая линия – это усредненный профиль одного индивидуального прибора. Наблюдаем значительную разницу между температурными профилями каждого прибора.

Разница в продолжительности проскока – от 5 до 25 сек.

Разница в температуре – от 1 до 4ﹾ˚С

kalib79 - Калибровка ПЦР амплификатора

 

 

16. КОНТРОЛЬНЫЕ ОБРАЗЦЫ — СКОЛЬКО И КАК РАСПОЛОЖИТЬ?

Теперь давайте рассмотрим еще один важный момент – использование контрольных образцов. Для контроля правильности протекания ПЦР все используют контрольные образцы. Как правило, если положительный контроль дал ожидаемый результат, мы считаем, что прибор работает хорошо, и все остальные образцы также дали 100% достоверный результат. Но как дела обстоят в реальности? Насколько мы можем доверять нашим контролям – вернее, экстраполировать положительный результат контрольного образца на всю серию?

Какими критериями мы руководствуемся при выборе количества и места расположения контрольных образцов? Наиболее распространенные варианты – по одному положительному и отрицательному:

  1. В начале и конце серии (если плашка заполнена не полностью)
  2. В лунке А1 и Н8
  3. В середине и с краю

А если мы применим полученные нами во время калибровки термоблока амплификатора знания о реальном распределении температуры по термоблоку? Тогда, вспомнив, что роль положительного контроля применительно к амплификатору – показать, что температурные параметры обеспечивают получение достоверного результата – получается, что нам нужно показать, что нужный результат получается и в самой горячей лунке термоблока, и в самой холодной – тогда, и только тогда результаты в промежуточном интервале также будут достоверны. То есть в реальности нам нужно 2 положительных контроля, а не один!

Ну а отрицательный контроль можно расположить в следующих по температуре лунках.

kalib4 - Калибровка ПЦР амплификатора

Итак, давайте подведем промежуточные итоги.

  1. Температурный индикатор на приборе не дает нам никакой достоверной информации – это некая «средняя температура по больнице» — больше это даже сбивает с толку.
  2. «Валидация производителя» не всегда тождественна реальным рабочим условиям прибора. «Прибор соответствует спецификациям» — не означает отсутствие значительных проскоков или неравномерности нагрева или охлаждения термоблока.
  3. Незамеченные проскоки могут быть причиной ложноотрицательных результатов.
  4. Без внешней многоканальной динамической калибровки термоблока мы не обладаем информацией о реальном распределении температуры в амплификаторе, особенно во время проскоков.
  5. Каждый прибор обладает уникальным распределением температур, зависящем не только от производителя и модели, но и от интенсивности его использования, степени износа прибора, а также ряда других факторов.
  6. Каждый прибор должен проходить регулярную динамическую, многоканальную калибровку.
  7. Критичными для получения достоверных результатов являются точность и неоднородность термоблока – особенно в моменты проскоков.
  8. Незнание реальной точности и неоднородности распределения температуры в термоблоке одного амплификатора приводит к получению ложноотрицательных результатов, которые в большинстве случаев невозможно отследить.
  9. Различие в температурных профилях различных амплификаторов приводит к последствиям намного более серьезным, чем просто ложноотрицательный результат. Это приводит к низкой достоверности результатов кПЦР как метода в целом и к репутационным потерям лаборатории.

 

Таким образом, мы можем полностью изменить формат работы ПЦР лаборатории и не зависеть от моделей и производителей амплификаторов, а ориентироваться на реальный температурный профиль.

 

 

17. КОРРЕКТИРОВКА ТЕМПЕРАТУРНОГО ПРОФИЛЯ АМПЛИФИКАТОРОВ

Итак, мы поняли, что каждый амплификатор, даже одной модели одного т того же производителя, обладает уникальным температурным «отпечатком пальца».

Какие возможны действия при получении результатов реального температурного профиля термоблока?

Амплификаторы не предназначены для настроек после калибровки – ни пользователем, ни производителем. Однако многие проблемы могут быть устранены оптимизацией температурной программы. Рассмотрим основные отклонения.

 

  • 17.1 Контроль средней температуры плато

Средняя температура после выхода на плато может быть подстроена изменением заданной температуры. Например, если мы знаем, что при заданной температуре в 95˚С, реальная температура на плато – 94˚С, то задав температуру 96˚С, мы получим реальную температуру 95˚С.

kalib7 - Калибровка ПЦР амплификатора

Реальная температура соответствует заданной

 

kalib8 - Калибровка ПЦР амплификатора

Реальная температура ниже заданной. Корректируется программированием амплификатора

 

kalib9 - Калибровка ПЦР амплификатора

Реальная температура выше заданной. Корректируется программированием амплификатора

 

  • 17.2 Контроль скорости нагрева / охлаждения

 

Настройка скорости изменения температуры может быть настроена изменением соответствующих параметров. Следует учитывать, что при использовании по умолчанию максимальной скорости нагрева/охлаждения этот параметр может быть только уменьшен. Поэтому, при гармонизации работы двух различных термоциклеров, меньшая скорость нагрева должна быть принята в качестве стандартной.

Уменьшение скорости изменения температуры в общем приведет к улучшению однородности во время изменения температуры и проскока. Также это приведет к уменьшению величины проскока.

kalib13 1 - Калибровка ПЦР амплификатора

Высокая скорость с большим проскоком.

kalib14 - Калибровка ПЦР амплификатора

Меньшая скорость с меньшим проскоком

kalib15 - Калибровка ПЦР амплификатора

Высокая скорость замедленна.

 

  • 17.3 Контроль проскоков

Различные модели амплификаторов имеют разные системы контроля температурных профилей – с проскоком или без. Преимущество системы с проскоком в том, что при денатурации время на плато может быть значительно снижено за счет быстрого нагрева реакционной смеси. Недостаток такой системы в том, что при высоких неконтролируемых проскоках происходит быстрая деактивация Taq-полимеразы (красная линия – температура термоблока, синяя – реакционной смеси):

kalib18 - Калибровка ПЦР амплификатора

Амплификатор без проскока. Синяя линия – температура реакционной смеси, красная – температура термоблока без проскока.

 

 

kalib19 - Калибровка ПЦР амплификатора

Амплификатор с неконтролируемым проскоком. Синяя линия – температура реакционной смеси, красная – неконтролируемый проскок.

kalib20 - Калибровка ПЦР амплификатора

Амплификатор с контролируемым проскоком. Синяя линия – температура реакционной смеси, красная – контролируемый проскок.

 

В зависимости от задач мы можем программировать величину проскока.

Если требуется быстрый цикл и быстрые результаты, то рекомендуется проскок на этапе денатурации.

Если наша задача – минимальный расход полимеразы, максимальное количество циклов и чувствительность метода, то имеет смысл минимизировать проскоки.

Проскоков на этапе денатурации можно избежать добавлением небольшого плато до основной температуры. Например, 30 с при 95 ˚С могут быть модифицированы в 1 с при 90 ˚С, 30 с при 95 ˚С. В этом случае амплификатор достигает 90 ˚С при максимальной скорости, проскакивает эту температуру и приближается к 95 ˚С в более медленном контролируемом режиме, при этом практически на проскакивая 95 ˚С. В зависимости от конкретной модели термоциклера эта программа требует некоторых настроек.

kalib21 - Калибровка ПЦР амплификатора

Классический профиль с проскоком, типичный для большинства производителей.

kalib22 - Калибровка ПЦР амплификатора

Тот же профиль с программным контролем проскоков.

 

В некоторых моделях амплификаторов есть опция контроля объема пробы. В этих моделях величина проскока может контролироваться увеличением/уменьшением объема пробы. В таких приборах эффект носит нелинейный характер и требует тщательной настройки.

 

Изменение проскока при изменении объема пробы 0 или 20 мкл:

kalib23 1 - Калибровка ПЦР амплификатора

kalib24 - Калибровка ПЦР амплификатора

  • 17.4 Контроль неоднородности

К сожалению, неоднородность – единственный параметр термоблока, который не может быть непосредственно настроен или отрегулирован. Мы можем на него повлиять, изменяя скорость нагрева или регулируя загрузку термоблока. Насколько изменения скорости нагрева повлияют на неоднородность, будет сильно зависеть от конструктивных особенностей термоблока – в основном от количества элементов Пельтье, сенсоров и механизма контроля температуры.

Как отмечали ранее, снижение скорости нагрева приводит к уменьшению величины проскоков и улучшению неоднородности во время нагрева и на плато.

Этого же эффекта в некоторых моделях амплификаторов можно добиться, заполняя неиспользуемые лунки пробирками с водой (в том же объеме, что и образец). Это позволяет распределять тепло равномернее по термоблоку.

Неравномерная загрузка термоблока может со временем привести к неравномерному износу. Как правило, левая часть термоблока используется чаще, это приводит к большему износу левой части.

 

Также, следует отметить, что:

  • Амплификаторы демонстрируют более высокую неоднородность через 15 секунд, чем через 90.
  • Неоднородность улучшается со временем.
  • Если проверять температуру в статичном режиме, то результаты выглядят хорошо. Но результаты реального ПЦР анализа будут сильно отличаться!

 

kalib25 - Калибровка ПЦР амплификатора

 

 

18. ВНУТРИ- И МЕЖЛАБОРОТОРНАЯ ГАРМОНИЗАЦИЯ ПЦР

ПЦР – многостадийный комплексный метод, и для его гармонизации, то есть для получения максимально воспроизводимых и достоверных результатов независимо от прибора, лаборатории и исполнителя, нужен такой же комплексный подход.

Для гармонизации метода ПЦР, достижения воспроизводимости независимо от прибора и лаборатории, необходимо провести привязку к реальным температурным профилям и стандартизацию протоколов.

Для этого необходимо:

  1. Калибровать все амплификаторы в лаборатории, используя системы многоканальной динамической калибровки.
  2. Выбрать прибор с наименьшим значением скорости нагрева или же установить ее самостоятельно.
  3. Установить на всех термоциклерах выбранную скорость нагрева/охлаждения.
  4. Настроить точность температуры либо по абсолютному значению, либо по выбранному амплификатору.
  5. Запрограммировать проскоки в соответствии с выбранным профилем.
  6. Проверить, что внесенные изменения дают необходимый температурный протокол
  7. При необходимости провести подстройку параметров.
  8. При валидации протокола используйте амплификатор с максимальной неоднородностью. Если Вы получаете воспроизводимый результат во всех 96 лунках этого прибора, то этот же результат будет получен и на других термоциклерах.

 

kalib30 - Калибровка ПЦР амплификатора

 

 

19. КАК ПРАВИЛЬНО КАЛИБРОВАТЬ АМПЛИФИКАТОР

Голландская компания Cyclertest – единственная в мире предоставляет услугу динамической многоканальной (15 каналов) калибровки любых моделей амплификаторов в лаборатории клиента и без нарушения рабочего процесса.

Ниже приведены ответы на наиболее распространенные вопросы наших клиентов:

Как происходит калибровка амплификатора?

В заранее согласованное удобное для Вас время в Вашу лабораторию приезжает специалист с прибором для калибровки. В амплификатор ставится зонд с 15-ю датчиками, равномерно расположенными по площади термоблока. Крышка термоблока закрывается, как при обычном анализе – для полной идентичности условий калибровки и обычной работы термоциклера.

В амплификатор вводится специальная температурная программа для проверки всех участков температурного профиля – максимальной и минимальной температур, скорости нагрева и охлаждения, проскоков. Затем запускается тест продолжительностью примерно 30-40 минут.

Вам не надо прерывать Вашу работу – процесс калибровки амплификатора занимает примерно 1 час, после чего прибор вновь готов к обычной работе.

 

Что я получаю в результате калибровки?

По завершении процедуры калибровки Вы получаете результаты в виде детализированного отчета с таблицами и графиками. В отчете содержится полная информация о всех параметрах работы данного конкретного термоблока – точность, неоднородность, проскоки при нагреве и охлаждении и др.

После получения реальной информации о работе Ваших приборов Вы сможете:

  1. Проводить любые тесты на любых приборах Вашей лаборатории
  2. Экономить средства за счет сокращения вынужденных повторов и ненужного расхода дорогостоящих реагентов
  3. Повысить достоверность Ваших результатов, а для коммерческих лабораторий – получить серьезное конкурентное преимущество
  4. Исключить вероятность ложноотрицательных результатов
  5. Поднять репутацию Вашей лаборатории

 

Сколько стоит такая калибровка амплификатора?

Стоимость калибровки амплификатора зависит от местоположения прибора, его типа, а также от количества  приборов в лаборатории. Обращайтесь к нашим специалистам для получения индивидуального предложения по калибровке всех Ваших амплификаторов.

 

Как часто необходимо калибровать термоблок амплификатора?

Период повторной калибровки амплификатора сильно зависит от многих факторов – модели и производителя, интенсивности и формата работы, срока службы прибора, истории его обслуживания и ремонтов. Мы рекомендуем калибровать минимум 1 раз в год. При необходимости, если в процессе работы возникают «странные» результаты, можно сократить интервал калибровки данного амплификатора до полугода.

 

Для получения полной информации о динамической многоканальной калибровке Вашего амплификатора и индивидуального предложения для Вашей лаборатории, обращайтесь к представителям компании в России и СНГ.

 

См. также: